Em 29 de Julho de 1563, chegaram a Macau três jesuítas, os padres Francisco Perez e Manuel Teixeira, e o irmão André Pinto. Em dezembro de 1565 construíram a primeira residência jesuíta e a primeira igreja, ambas feitas de palha. Ficavam situadas junto da Ermida de Santo António. Aquela igreja foi incendiada e em seu lugar foi construída outra de madeira e coberta a telha. Em 1579, os Jesuítas construíram outra residência e em 1582, erigiram uma nova igreja na colina, no local onde existem as actuais ruínas de S. Paulo. Em 1595, foi anexado um colégio a esta igreja.
A igreja foi incendiada 1601 e as chamas atingiram o colégio que ficou parcialmente destruído.
A igreja foi reconstruída em 1602-1603 com motivos decorativos feitos por artistas japoneses. Embora a igreja reconstruída tenha sido reaberta na véspera de Natal de 1603, e que terá custado 30,00 taéis, só ficou concluída em 1640.

Postal c. 1965 Ruínas de S. PauloA fachada, cuja construção foi iniciada em 1602, ficou muitos anos sem ser concluída.
Em 1835, um violento incêndio destruiu a igreja e o colégio restando as ruínas: imponente fachada e a escadaria monumental de 68 degraus de granito.
TEIXEIRA, Manuel – Japoneses em Macau, 1993.